Główny Specjalista – Ekspert ds. Integracji Danych w Grupie Badawczej Immunoterapii
/ 27 czerwca, 2025
WYMAGANIA OBOWIĄZKOWE:
Wykształcenie:
- Tytuł doktora z dziedzin biologicznych, bioinformatycznych lub pokrewnych.
Doświadczenie:
- Udokumentowane doświadczenie analityczne w zakresie danych scRNA-seq, mRNA-seq, TCR-seq (analiza repertuarów TCR) i/lub danych proteomicznych, potwierdzone publikacjami w renomowanych czasopismach naukowych (preferowane o wysokim IF).
- Praktyczna znajomość analizy i integracji danych pochodzących z różnych platform „omics”, takich jak: mRNA-seq (bulk i single-cell), TCR-seq, fenotypowanie komórek (flow cytometry), proteomika (LC-MS/MS), metabolomika
- Znajomość narzędzi typu: DESeq2, Limma, Seurat, Cytoscape, STRING, GSEA lub innych.
- Umiejętność pracy w środowisku R i/lub Python.
- Doświadczenie w pracy w uznanych zespołach badawczych zajmujących się immunologią, biologią nowotworów lub immunoonkologią.
- Dodatkowym atutem będzie umiejętność in silico projektowania konstruktów ekspresyjnych potencjalnych receptorów TCR γδ, wytypowanych na podstawie danych TCR-seq i RNA-seq, z zastosowaniem w immunoterapii nowotworów.
- Mile widziana będzie również umiejętność projektowania systemów CRISPR, ukierunkowanych na markery molekularne wytypowane na podstawie analiz danych omicznych
Wiedza merytoryczna:
- Z uwagi na zakres tematyczny projektu, preferowani będą kandydaci wykazujący się bardzo dobrą znajomością zagadnień z zakresu immunologii, ze szczególnym uwzględnieniem mechanizmów działania adaptacyjnego układu odpornościowego, biologii nowotworów oraz biologii komórki.
- Dodatkowym atutem będzie znajomość mechanizmów działania limfocytów T γδ oraz ich potencjalnego zastosowania w immunoterapii nowotworów.
Kompetencje miękkie:
- Umiejętność efektywnej pracy w interdyscyplinarnym zespole badawczym.
- Samodzielność, dokładność i odpowiedzialność w realizacji zadań.
- Zdolność do jasnej i precyzyjnej prezentacji wyników badań, również dla odbiorców spoza środowiska akademickiego – najlepiej poparta doświadczeniem w wystąpieniach na międzynarodowych sympozjach naukowych.
Codzienne zadania
- Przeprowadzanie kompleksowej integracji danych multiomicznych pochodzących z różnych platform badawczych:
- sekwencjonowanie RNA (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq);
- sekwencjonowanie repertuarów receptorów TCR γδ;
- analizy proteomiczne (spektrometria mas);
- wyniki testów funkcjonalnych hodowli komórkowych (cytotoksyczność);
- ekspresja markerów komórkowych (cytometria przepływowa);
- analizy biochemiczne osocza i produkowanych cytokin.
- Wykonywanie zaawansowanych analiz bioinformatycznych, takich jak analiza różnicowej ekspresji genów, identyfikacja markerów molekularnych, wykrywanie klastrów komórkowych oraz analiza korelacyjna RNA-białko, w celu określenia sygnatur molekularnych związanych z cytotoksycznością wobec glejaka.
- Tworzenie zautomatyzowanych procedur analizy danych obejmujących wstępne przetwarzanie danych (kontrola jakości, filtrowanie, normalizacja, skalowanie międzyplatformowe), a także automatyzację analiz w środowisku R i/lub Python.
- Wnioskowanie biologiczne na podstawie danych, z wykorzystaniem różnego typu metod, np. GSEA, GSVA, analiza sieci sygnałowych, analiza interakcji białkowych (np. za pomocą Cytoscape, STRING), w celu identyfikacji potencjalnych szlaków terapeutycznych lub biomarkerów.
- Analizy korelacji RNA-białko, identyfikacja zgodnych par ekspresyjnych.
- Analiza klastrów i wykrywanie unikalnych/powtarzalnych wzorców w danych.
- Aktywne uczestnictwo w procesie identyfikacji kandydatów na „idealnych” dawców krwi do produkcji limfocytów T γδ poprzez integrację danych omicznych z wynikami testów funkcjonalnych i fenotypowych.
- Tworzenie listy markerów RNA/białko do przyszłej selekcji dawców komórek i hodowli limfocytów o aktywności przeciwnowotworowej.
- Przygotowywanie wizualizacji danych i raportów, zarówno w kontekście naukowym (publikacje, prezentacje konferencyjne), jak i użytkowym (np. przekazywanie wyników członkom zespołu klinicznego lub interesariuszom projektu).
- Tworzenie i rozwijanie wewnętrznych baz danych i narzędzi analitycznych, które wspierają długofalowe cele projektu i pozwalają na łatwiejsze zarządzanie dużymi zbiorami danych biologicznych.
Benefity
Kandydatom oferujemy:
- zatrudnienie na umowę o pracę na pełen etatu na czas określony na stanowisku Główny Specjalista;
- możliwość pracy w nowoczesnym laboratorium z dostępem do najnowszej infrastruktury badawczej;
- dofinansowanie do prywatnej opieki medycznej;
- dofinansowanie do karty sportowej;
- możliwość dołączenia do grupowego ubezpieczenia na życie;
- dofinansowania w ramach ZFŚS (do wypoczynku oraz świąt Bożego Narodzenia).
Wynik naboru
Brak opublikowanego wyniku naboru.