Bioinformatyk (Starszy Specjalista) w Laboratorium Diagnostyki Genetycznej i Mikrobiologicznej (k/m)
WYMAGANIA OBOWIĄZKOWE:
- Wykształcenie wyższe (magister lub doktor) w obszarze bioinformatyki, biologii obliczeniowej, biotechnologii, biologii molekularnej, informatyki lub kierunków pokrewnych;
- Minimum 3 lat doświadczenia w analizie bio-danych wysokoprzepustowych, w szczególności danych genomowych (NGS);
- Bardzo dobra znajomość metod analizy danych sekwencjonowania nowej generacji, w tym analiz WGS, WES, RNA-Seq, panelowych lub metagenomicznych z próbek klinicznych;
- Doświadczenie w pracy w środowisku Linux/Unix oraz w obsłudze klastrów obliczeniowych lub środowisk HPC;
- Doświadczenie w analizie jakości danych, walidacji pipeline’ów oraz interpretacji wyników biologicznych w kontekście klinicznym lub badawczym;
- Biegłość w co najmniej jednym języku programowania stosowanym w bioinformatyce (Python, R, Bash), w tym umiejętność tworzenia i utrzymywania pipeline’ów analitycznych;
- Praktyczna znajomość narzędzi i formatów bioinformatycznych (np. FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GFF, BED; BWA, Bowtie2, GATK, samtools, bcftools, Nextflow/Snakemake);
- Umiejętność pracy w środowisku regulowanym (system jakości, laboratorium BSL-2, ewidencjonowanie zapisów w ścieżkach procesów);
- Samodzielność, skrupulatność, dbałość o szczegóły, rzetelność, odpowiedzialność za powierzony obszar oraz za realizowane usługi komercyjne i badawczo-rozwojowe;
- Znajomość języka angielskiego na poziomie umożliwiającym swobodną komunikację w środowisku naukowym, klientami zagranicznymi oraz zdobywanie wiedzy z anglojęzycznej literatury fachowej.
Mile widziane
- Doświadczenie w pracy w projektach genomiki populacyjnej, klinicznej lub diagnostycznej;
- Doświadczenie we współpracy z zespołem laboratoryjnym (biotechnolodzy, mikrobiolodzy, diagności laboratoryjni), w tym umiejętność rozumienia procesów laboratoryjnych sekwencjonowania (NGS) oraz ich wpływu na etapy i wyniki analizy bioinformatycznej;
- Znajomość zagadnień związanych z interpretacją wariantów patogenicznych (variant calling, annotation, klasyfikacja wariantów, bazy referencyjne);
- Doświadczenie w analizach metagenomicznych, mikrobiologicznych lub epidemiologii molekularnej;
- Znajomość algorytmów i narzędzi stosowanych w identyfikacji oraz screeningu funkcjonalnych peptydów (np. analiza sekwencji, predykcja aktywności biologicznej, stabilności lub oddziaływań);
- Znajomość standardów jakościowych stosowanych w laboratoriach diagnostycznych (np. PN-EN ISO/IEC 17025, PN-EN ISO 15189);
- Udział w projektach badawczo-rozwojowych finansowanych ze środków krajowych lub UE.
OPIS STANOWISKA:
Osoba zatrudniona na stanowisku Bioinformatyk będzie odpowiadała za zaawansowaną analizę danych genomowych generowanych w ramach działalności Laboratorium Usługowego (core facility) oraz projektu G4PL „Genomika dla Polski”, dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021–2027. Stanowisko ma charakter kluczowy z perspektywy rozwoju kompetencji analitycznych jednostki i realizacji złożonych zadań badawczo‑rozwojowych, w szczególności w obszarze analizy całogenomowych danych (WGS z materiału klinicznego) ukierunkowanych na identyfikację i interpretację wariantów patogenicznych. Osoba zatrudniona będzie aktywnie współtworzyć, rozwijać i walidować pipeline’y bioinformatyczne zgodne z obowiązującymi regulacjami prawnymi, standardami jakościowymi oraz dobrymi praktykami w genomice i bioinformatyce, a także uczestniczyć w pracach interdyscyplinarnych zespołów roboczych funkcjonujących w ramach konsorcjum. Rola zakłada ścisłą współpracę z bioinformatykami reprezentującymi inne jednostki konsorcyjne, zespołem laboratoryjnym oraz zespołami naukowymi, z naciskiem na transfer wyników analiz bioinformatycznych do wiedzy biologicznej, klinicznej i aplikacyjnej. Bioinformatyk będzie również realnie zaangażowany w realizację i rozwój projektów badawczo‑rozwojowych, wspierając zarówno cele naukowe, jak i wdrożeniowe projektu G4PL.
Codzienne zadania
- Analiza danych NGS (WGS, WES, panele, metagenomika) od etapu surowych danych po interpretację biologiczną;
- Projektowanie, wdrażanie, utrzymanie i optymalizacja pipeline’ów bioinformatycznych do analiz genomowych;
- Kontrola jakości danych sekwencjonowania oraz walidacja procesów analitycznych;
- Przygotowywanie raportów analitycznych, zestawień wyników i dokumentacji wymaganej w systemie jakości;
- Reprezentowanie Łukasiewicz‑PORT w pracach międzyinstytucjonalnych grup roboczych konsorcjum G4PL, w szczególności poświęconych analizie i harmonizacji potoków danych genomowych (NGS), rozwojowi i standaryzacji pipeline’ów bioinformatycznych oraz współtworzeniu centralnego repozytorium danych sekwencjonowania nowej generacji;
- Udział w rozwoju infrastruktury obliczeniowej oraz standardów analitycznych laboratorium;
- Wsparcie merytoryczne projektów badawczo rozwojowych oraz usług komercyjnych w obszarze genomiki;
- Współudział w opracowywaniu i aktualizacji procedur (SOP) dotyczących analiz bioinformatycznych;
- Śledzenie aktualnych trendów, narzędzi i metod analizy danych genomowych oraz ich implementacja w praktyce laboratoryjnej.
Benefity
- Zatrudnienie na umowę o pracę na czas określony na stanowisku Starszy Specjalista – wymiar etatu do określenia.
- Możliwość pracy w nowoczesnym laboratorium z dostępem do najnowszej infrastruktury badawczej.
- Dofinansowanie do prywatnej opieki medycznej.
- Dofinansowanie do karty sportowej.
- Możliwość dołączenia do grupowego ubezpieczenia na życie.
- Dofinansowania w ramach ZFŚS (do wypoczynku oraz świąt Bożego Narodzenia).
- Bezpłatne miejsce parkingowe.
- Program rekomendacji pracowniczych.