Zintegrowana platforma do analiz histopatologicznych dla Biobanku Łukasiewicz – PORT – HISTOPAT

Obecnie biobank Ł-PORT to biobank populacyjny, którego celem jest kolekcja materiału biologicznego, głównie od dawców rekrutowanych z generalnej populacji, dodatkowo również z populacji obciążonej specyficzną jednostką chorobową, z obszaru województwa dolnośląskiego. Na obecną chwilę Biobank PORT posiada zbiór ponad 170 tysięcy próbek materiału biologicznego zgromadzonego w trakcie badań populacyjnych. 

W ramach planów rozwojowych Biobanku chcemy wzbogacić już istniejącą kolekcję o tkankowe zbiory onkologiczne obejmujące: tkanki nowotworowe (z guza i okolic guza), tkanki z niezmienionych chorobowo narządów, jeśli zaistnieje możliwość, to również materiał z biopsji węzłów wartowniczych. Kolekcja tych tkanek będzie tworzona w postaci utrwalonej kostki FFPE, tkanki świeżej lub zamrożonej, wybarwionych preparatów histopatologicznych jak i niewybarwionych skrawków i odcisków tkanki nowotworowej na szkiełku. Biobank PORT będzie również zabiegał o stworzenie unikatowych kolekcji tkanek normalnych od pacjentek nie onkologicznych, a zgłaszających się do klinik w celu  mammoplastyki jak i mastektomii prewencyjnej przeprowadzanej w przypadku stwierdzenia u nich mutacji genowych (genu BRCA1 i BRCA2), jak i znaczących predyspozycji rodzinnych. 

W obecnej aplikacji ubiegamy się o wsparcie finansowe zakupu zintegrowanej platformy do analiz histopatologicznych umożliwiającej: a) automatyczne wybarwianie protein z zastosowaniem metody immunohistochemicznej (IHC/IF) i RNA/DNA hybrydyzacji in-situ (ISH/FISH) w kompleksowym środowisku tkanki patologicznej i normalnej w postaci FFPE przy zastosowaniu automatycznego system do barwienia (charakterystyki molekularnej); b) cyfryzacje wybarwionych preparatów mikroskopowych z wyżej wymienionego materiału FFPE i zamrożonej tkanki.

Proces digitalizacji preparatów wybarwionych metodami IHC, IF, ISH and FISH osiąga się poprzez wykorzystanie specjalistycznych skanerów cyfrowych pozwalających na przeniesienie wszystkich informacji z preparatu histopatologicznego na komputer w postaci zdigitalizowanego obrazu. Automatyczne wybarwianie materiału tkankowego, jak i późniejsza digitalizacja preparatów mikroskopowych pozwolił na przełom w histopatologii i jej szersze zastosowanie w badaniach podstawowych, a także wysoko zaawansowanych badań biomedycznych i translacyjnych mających bezpośredni wpływ na praktykę kliniczną. Automatyzacja procesu wybarwiania tkanek, jak i digitalizacja preparatów mikroskopowych umożliwi również rozwój systemów pozwalających na computer based image analysis, w obszarze spatial profiling i identyfikacji histomorfologicznych charakterystyk nieuchwytnych w procesie klasycznej oceny mikroskopowej.

Wszelkie projekty w Biobanku Łukasiewicz – PORT, które będą wiązały się z pracą na zbiorach histopatologicznych i wymagały wizualizacji biomarkerów, charakterystyki molekularnej lub oceny patomorfologicznej materiału tkankowego będą objęte procesami digitalizacji obrazów. Umożliwi to rozległą współpracę z jednostkami krajowymi i zagranicznymi, jak i pozyskanie jak największej ilości informacji z cennego materiału tkankowego, który został nam powierzony przez pacjentów i wolontariuszy.