Laboratorium Analiz Komórkowych i Oddziaływań Biomolekularnych

Laboratorium Analiz Komórkowych i Oddziaływań Biomolekularnych prowadzi badania i wykonuje usługi z zakresu biofizyki molekularnej oraz analiz komórkowych na potrzeby grup badawczych w Łukasiewicz – PORT oraz dla klientów zewnętrznych.

Przy użyciu metod biofizycznych badamy oddziaływanie układów takich jak białko-białko, białko-ligand, przeciwciało-antygen, białko-RNA, białko-DNA itp. Możemy badać zarówno oddziaływanie wybranych dwóch partnerów, jak i wykonać screening dużej liczby potencjalnych ligandów/kandydatów na leki.

Analizy komórkowe obejmują hodowlę i kompleksowe badania na układzie in vitro linii komórkowych: komercyjnych lub pobranych od pacjentów.

Kontakt: zapytania@port.lukasiewicz.gov.pl

Metody biofizyczne umożliwiają precyzyjne poznanie mechanizmów oddziaływania cząsteczek (takich jak białka, małe cząsteczki, DNA, RNA), a także badania stabilności / jakości próbek białkowych w roztworze, rozwijania, zmian struktury przestrzennej i oligomeryzacji.

Sposób badania i wybór odpowiedniej techniki może być dostosowany do specyfiki układu eksperymentalnego. Oprócz standardowych metod, Laboratorium oferuje całościowe zaplanowanie i przeprowadzenie eksperymentów, optymalnych dla konkretnego obiektu badań. Możemy zaprojektować i wdrożyć dedykowaną procedurę eksperymentalną, tzw. assay development.

  • Metody z zastosowaniem immobilizacji cząsteczek na powierzchni sensora: powierzchniowy rezonans plazmonowy SPR (Biacore T200), interferometria bio-warstwowa BLI (Octet Red 384);
  • Układ ligand-receptor swobodne w roztworze mogą być badane za pomocą metod miareczkowania kalorymetrycznego ITC (Malvern ITC-200), termoforezy mikroskalowej MST (Nanotemper Monolith);
  • Stabilność białek, struktura drugorzędowa oraz zmiany konformacyjne są badane technikami skaningowej fluorymetrii różnicowej DSF/TSA (Roche LightCycler 480), skaningowej kalorymetrii różnicowej (Malvern DSC), fluorescencji (Varian Cary Eclipse) oraz spektroskopii dichroizmu kołowego (Jasco-815);
  • Stan oligomeryczny białek i rozmiar cząsteczek jest określany metodą dynamicznego rozpraszania światła DLS (Malvern Zetasizer Nano);
  • Badanie kinetyki asocjacji białek do receptorów na powierzchni komórek, mierzona w czasie rzeczywistym przy użyciu aparatu LigandTracer (RidgeView Instruments), z zastosowaniem znakowania fluorescencyjnego.

Laboratorium oferuje usługi związane z analizą komórek: zarówno liniami komercyjnymi, jak i materiałem pobranym od pacjentów.

  • Izolacja komórek i hodowla linii pierwotnych, analiza próbek pobranych od pacjentów;
  • Testy płytkowe z zastosowaniem fluorescencji oraz luminescencji (np. testy żywotności, cytotoksyczność, wpływ badanych cząsteczek na komórki);
  • Analizy z zastosowaniem cytometrii przepływowej.

Laboratorium wykonuje również usługę izolacji DNA/RNA (z krwi, śliny), a także patogennego DNA/RNA. Proces jest w dużej części zautomatyzowany, wykonywany z użyciem automatycznej stacji pipetującej QIASymphony.

Kalorymetr Microcal ITC-200 (Malvern)

Kalorymetr Microcal ITC-200 (Malvern)

LigandTracer (RidgeView instruments)

LigandTracer (RidgeView instruments)

SPR T200 (Biacore)

SPR T200 (Biacore)

Spektropolarymetr J-815 (Jasco)

Spektropolarymetr J-815 (Jasco)

BLI Octet384 (ForteBio)

BLI Octet384 (ForteBio)

MST Monolith NT.115 Pico (NanoTemper)

MST Monolith NT.115 Pico (NanoTemper)

Kalorymetr skanningowy Microcal VP-Capillary DSC (Malvern)

Kalorymetr skanningowy Microcal VP-Capillary DSC (Malvern)

DLS Zetasizer Nano (Malvern)

DLS Zetasizer Nano (Malvern)

Robot pipetujący Freedom EVO (Tecan)

Robot pipetujący Freedom EVO (Tecan), 8-kanałowy robot pipetujący (Tecan Evolution), umożliwiający przygotowanie dużej liczby płytek w formacie 96 oraz 384-dołkowym. Aparat jest zintegrowany z uniwersalnym czytnikiem płytek (Tecan Infinity M200Pro). Czytnik umożliwia wysokoprzepustowe (płytki maksymalnie 384-dołkowe) pomiary fluorescencji i absorpcji.

Cytometr przepływowy FACS Calibur (BD)

Cytometr przepływowy FACS Calibur (BD)

Robot pipetujący QIASymphony (Qiagen)

Robot pipetujący QIAsymphony (Qiagen)

  • Spektrofotometr Evolution201 (Thermo)
  • Spektrofotometr NanoDrop8000 (Thermo)
  • qPCR LightCycler 480 (Roche)
  • Spektrofluorymetr Cary Eclipse (Varian)
  • Czytnik płytek VictorX4 (PerkinElmer)
  • Tissue Lyser (Qiagen)
  • Mikroskop odwrócony
  • Inkubatory do hodowli komórkowych
  • Komory laminarne
  • Ultrazamrażarki
  • Pozostały sprzęt laboratoryjny (wirówki, worteksy, termocyklery)