SMF-PPI

„Przejściowe stany białek w projektowaniu niskocząsteczkowych inhibitorów oddziaływań białko-białko”
(akronim: SMF_PPI)

Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauki w ramach konkursu „SYMFONIA 2”

Wartość projektu: 6 496 000,00 PLN
Wartość dofinansowania: 1 844 400,00 PLN
Okres realizacji projektu: 15/12/2014-14/12/2018

Kierownik projektu: prof. dr hab. Jacek Otlewski
Konsorcjum realizujące projekt:

1. Uniwersytet Jagielloński – Lider Konsorcjum
2. Wrocławskie Centrum Badań EIT+ Sp. z o.o.

Celem przedstawionego projektu jest wykazanie, że możliwe jest racjonalne projektowanie małych cząsteczek organicznych stabilizujących przejściowe stany konformacyjne białek do wykorzystania jako „narzędzia chemiczne” w badaniach z zakresu biologii komórki, a w dłuższej perspektywie potencjalnie także w farmakoterapii. Projekt skupia się na nowych oddziaływaniach białko-białko (PPI; ang. protein-protein interactions) istotnych w procesach nowotworzenia. Opracowane przez nas związki pomogą w rozszyfrowaniu znaczenia tych oddziaływań w biologii nowotworów. Pomimo dostępności informacji na temat ludzkiego genomu oraz rosnącej ilości danych strukturalnych wciąż nie jest możliwe w pełni racjonalne projektowanie nowych sond molekularnych do badania szeregu istotnych oddziaływań. Proponujemy rozwiązanie tego problemu poprzez rozwinięcie metodologii umożliwiającej opracowywanie cząsteczek które nie są ograniczone do naśladowania oddziaływań natywnych ale będą wykorzystywały naturalną dynamikę białek docelowych. Takie podejście stanowi fundamentalną zmianę paradygmatu tradycyjnego projektowania niskocząsteczkowych inhibitorów. Zgodnie z naszą wiedzą, podejście takie nie zostało nigdy wcześniej zastosowane racjonalnie do badania oddziaływań białko-białko z uwagi na niedostateczne zrozumienie dynamiki procesu oddziaływania oraz nadmiernym skupieniu na statycznych modelach uzyskiwanych w badaniach krystalograficznych.